限流模式和短路保护是不同概念。限流是稳态反馈调节状态，把对输出电压调节，转换到对输出电流的调节，有稳定性问题；而短路保护往往是瞬态行为。一旦短路要立即进入限流或关闭功率开关，动作时间要求尽可能快。如果两者结合起来当然更好，一般有两个独立的电路执行各自的功能。
如果变换器有许多输出，上述方法还有问题。初级电流检测设置在避免超过额定功率（即每个线圈最大负载之和的全部功率）。但是现在假定仅一个输出短路。如果其它各路运行在最大功率，在电流限制跳闸前几乎全部变换器功率通过一个输出。这个情况的结果要么是烧了此路输出整流器，要么此路变压器线圈烧断（如果拓扑中有电感也有可能烧电感）。无论如何，变换器要保护自身。
似乎没有一个价廉的方法。假定你没有在每个后继调节器设置限流，最好分别检测电流（用一个电阻放在每个输出回线与次级地之间，所以你不需要共模抑制），把每个信号送到集电极开路比较器，并组成“或”逻辑。“或”信号用来控制PWM芯片的限流或跳闸脚（如果变换器是非隔离）。或通过一个光耦控制这个脚。
